نامه آیت الله یزدی به مرجع عالیقدر حضرت آیت الله شبیری زنجانی این روزها موضوع بحث و نظر بسیاری از نخبگان و علمای حوزه و رسانه ها بوده است. مباحثات حوزوی و آزادی در بیان نظرات و دیدگاه‌ها از جمله مشخصات بارز در نظام سنتی حوزه های علمیه است. مجتهدی بر اساس تحقیق و تفحص خود به نظری می رسد و مجتهدی دیگر بر طبق همان اصول و قواعد علمی و فقهی که مجتهد اول بدان معتقد است به رایی دیگر می رسد. هر دو به سبب اجتهاد و کوشش و تحقیقشان در پیشگاه الهی ماجورند و عمل به هر کدام از آن دیدگاه‌ها از منظر شارع مقدس برای مقلدینشان مجزی و مقبول است.
استقلال و آزاد اندیشی و حریت موجود در تاریخ حوزه های علمیه هم ناشی از همین عرف ثابت است. میرزای شیرازی فتوای تحریم تنباکو را صادر کرد و آن را در حکم محاربه با امام زمان دانست اما آیت الله بهبهانی در همان زمان قلیان استعمال می کرد و زمانی که به او گفتند میرزا حکم به تحریم تتون و تنباکو داده گفت او مجتهد است و من نیز مجتهدم و به رای و فتوای خود عمل می نمایم.
آنچه در نامه آیت الله یزدی دام عزه آمده صرف نظر از لحن تند و غیرمحترمانه اش نظر و عقیده ایشان است و اتفاقا باید از آقای یزدی به سبب بیان صریح و روشن و شفاف آنچه بدان رسیده و دورنگی در کار خویش ندارد تقدیر کرد
از طرفی واکنش اکثر قریب به اتفاق فضلا و علما و اساتید حوزه در دفاع از آیت الله العظمی شبیری زنجانی بدین معناست که قاطبه حوزه های علمیه همچنان مستقل از شخصیتهای حکومتی عمل می کنند و بر خلاف برخی ادعاها مبنی بر این که حوزه بعد از انقلاب استقلال و حریت خود را از دست داده و به رغم برخی تلاش‌ها برای دولتی کردن حوزه های علمیه، مراجع و علمای بزرگ در بیان نظرات و عمل به دیدگاه‌های خود آزاد و مستقلند و حکومت متعرض آنان نمی شود.
این استقلال را باید پاس داشت و از آن مراقبت نمود چرا که بزرگترین سرمایه معنوی و معرفتی علمای دین و حوزه های علمیه حریت و آزادگی آنان است.